南京大学医学院-j9集团

方雷，南京大学医学院教授、博士生导师。自2015年回国工作以来，在南京大学医学院从头搭建了稳定高效的蛋白质组学和大数据平台，并逐步建立了多种疾病蛋白质组学研究的技术手段和方法，广泛开展基于蛋白质组学的靶点鉴定和疾病发生机制研究。目前在nature aging，nature communications，embo journal，signal transduction and targeted therapy，redox biology，ccs chemistry以及蛋白质组学顶尖期刊mol cell proteomics和j proteome res.共发表sci论文70余篇。作为主要完成人获得了国家技术发明奖二等奖(排名第四，2012年度)、江苏省科学技术奖一等奖(排名第三，2012年度)和华夏医学科技奖三等奖（排名第三，2022年度）。主持国家自然科学基金面上项目三项和青年基金项目一项，主持江苏省自然科学基金面上项目两项，参与国家自然科学基金重点项目和军队后勤开放研究项目各一项。

研究方向：

1.蛋白质组学驱动的精准医学：筛选和鉴定具有临床诊断和治疗靶点价值的疾病蛋白质标志物并进行转化应用

2.化学蛋白质组学：药物或代谢物小分子（如香叶基香叶基焦磷酸、法尼基焦磷酸、酮体和果糖等）靶点蛋白的鉴定及其调控代谢稳态和疾病发生的分子机制研究

3.蛋白质组学研究策略和方法的开发：包括蛋白质复合物的高效亲和纯化和鉴定（ap-ms和临近标记技术）；蛋白质翻译后修饰位点（ptms：磷酸化、乙酰化、泛素化和异戊二烯化修饰等）的鉴定和生物学功能研究；利用蛋白质化学交联技术研究特定蛋白复合物结合蛋白网络的动态变化（qtax）

科研与学术工作经历：

   2022.01-至今，南京大学医学院，教授

   2021.06-至今，南京大学医学院，博士生导师

   2019.09-至今，南京大学化学与生物医药创新研究院，双聘pi

   2015.03-2022.01，南京大学医学院，副教授、硕士生导师

   2011.10-2015.02，美国纽约大学langone医学中心，助理研究员

   2007.03-2011.09，美国加州大学irvine分校，博士后研究员

教育经历：

   2001.09-2006.12，南京大学，生化与分子生物学，博士

   1997.09-2001.06，山东大学，生物学与生物技术，学士

教学情况简介：

主持南京大学医学院8年制和“5 3”本科生课程《细胞生物学》、科教融合课程《蛋白质组学驱动的肿瘤精准医学》以及公选课《生物组学与人类疾病》，主持研究生课程《生物医学仪器分析》等课程。

美国质谱学会会员、中国细胞生物学会会员

江苏省细胞与发育生物学会理事

江苏省高等学校医药教育研究会-医学人文素质教育专业委员会理事（第四届）

江苏省抗癌协会肿瘤代谢专业委员会委员

江苏省整合医学研究会运动能量疗愈专业委员会常务委员

sttt、clinical and translational medicine和journal of proteome research等期刊审稿专家

国家自然科学基金函审专家

(1) xiaorui chen, yang luo, qing zhu, jingzi zhang, huan huang, yansheng kan, dian li, ming xu, shuohan liu, jianxiao li, jinmeng pan, li zhang, yan guo, binghao wang, guantong qi, zhen zhou, chen-yu zhang*, lei fang*, yanbo wang*, xi chen*. small extracellular vesicles from young plasma reverse age-related functional declines by improving mitochondrial energy metabolism. nature aging. 2024 april 16. doi: 10.1038/s43587-024-00612-4.

(2) characterization of protein lactylation in relation to cardiac metabolic reprogramming in neonatal mouse hearts. zhang t, zhu y, wang x, chong d, wang h, bu d, zhao m, fang l*, li c*. j genet genomics. 2024 mar 11:s1673-8527(24)00055-9. doi: 10.1016/j.jgg.2024.02.009.

(3) ketone bodies promote epididymal white adipose expansion to alleviate liver steatosis in response to a ketogenic diet. zhao mf, zhang xg, tang yp, zhu yx, nie hy, bu dd, fang l*, li cj*. j biol chem. 2024 jan 2:105617. doi: 10.1016/j.jbc.2023.105617.

(4) li x, wang n, gui m, wang c, ding y, bai b, li c, zhang j, fang l. quantitative proteomics reveals ppar signaling pathway regulates the cardiomyocyte activity of neonatal mouse heart. proteomics.2023 sep;23(18):e2200330. doi: 10.1002/pmic.202200330.

(5) yan wang^#, jingzi zhang^#, jiafang deng, chengzhi wang, lei fang*, yan zhang* and jinbo li*. targeted degradation of dna/rna binding proteins via covalent hydrophobic tagging. ccs chem. 2023, just accepted. doi: 10.31635/ccschem.023.202302873.

(6) wang b, huang b, li x, guo y, qi g, ding y, gao h, zhang j, wu x, fang l. development of functional anti-gn nanobodies specific for sftsv based on next generation sequencing and proteomics. protein sci. 2022 nov;31(11):e4461.

(7) ke  lu, si-yu shen, ou-yang luo, yue lu, tian-shu shi, jing wu, qi cheng,  hua-jian teng, di chen, xiang lu, chao-jun li, qing jiang, lei fang*,  bin xue*. manipulating pp2acα-ask-jnk signaling to favor apoptotic over  necroptotic hepatocyte fate reduces the extent of necrosis and fibrosis  upon acute liver injury. cell death dis. 2022 nov 22;13(11):985.

(8) wen-yuan wu, zi-xuan wang, tu-shuai li, xiao-qin ding, zhi-hong liu, jie yang, lei fang*, ling-dong kong*. ssbp1 drives high fructose-induced glomerular podocyte ferroptosis via activating dna-pk/p53 pathway. redox biology. 2022 jun;52:102303.

(9) yan guo , qi li, wei ren, hongyan wu, chengzhi wang, xinyu li, bin xue, yudong qiu, jingzi zhang, jun chen, lei fang.  quantitative proteomics reveals down-regulated  glycolysis/gluconeogenesis in the large-duct type intrahepatic  cholangiocarcinoma. j proteome res. 2022 oct 7;21(10):2504-2514.

(10) jing wu, he liu, haiquan wang, yuqi wang, qi cheng, ruochen zhao, hongliang gao, lei fang*,  feng zhu*, bin xue*. itraq-based quantitative proteomic analysis of the  liver regeneration termination phase after partial hepatectomy in mice.j proteomics. 2022 sep 15;267:104688.

(11) cheng q, yuan x, lin s, zhao y, wang h, zhu f, wang y, xu t, wu j, wang k, zhang j, sun x, li c, liang h, fang l*,  xue b*. serum proteome profiling reveals differentially expressed  proteins between subjects with metabolically healthy obesity and  nonalcoholic fatty liver disease. j proteomics. 2022 may 30;260:104556.

(12) lei fang#*, tu-shuai li#, jing-zi zhang#,  zhi-hong liu, jie yang, bing-hao wang, yu-meng wang, jie zhou,  ling-dong kong*. fructose drives mitochondrial metabolic reprogramming  in podocytes via hmgcs2-stimulated fatty acid degradation. signal transduction and targeted therapy. 2021 jul 9;6(1):253.

(13) zhao r, wang b, guo y, zhang j, chen d, he wm, zhao yj, ding y, jin c, li c, zhao y, ren w, fang l.quantitative  proteomics reveals arsenic attenuates stem-loop binding protein  stability via a chaperone complex containing heat shock proteins and  erp44. proteomics. 2021 aug;21(16):e2100035.

(14) lei fang,  danqi chen, jingzi zhang, hongjie li, beatrix bradford, chunyuan jin.  potential functions of histone h3.3 lysine 56 acetylation in mammals. epigenetics. 2021 may 24:1-20.

(15) xiao  jiang, xinyi wang, xianming ding,mengjiedu, boran li, xialian weng,  jingzi zhang, lin li, rui tian, qi zhu, she chen, liang wang, wei liu, lei fang*, dante neculai*, qiming sun*. fam134b oligomerization drives endoplasmic reticulum membrane scission for er-phagy. embo j.2020 mar 2;39(5):e102608.

(16) yue zhao, meng-fei zhao, shan jiang, jing wu, jia liu, xian-wen yuan, di shen, jing-zi zhang, nan zhou, jian he, lei fang*, xi-tai sun*, bin xue*, chao-jun li*. liver governs adipose remodelling via extracellular vesicles in response to lipid overload. nature communications. 2020 feb 5;11(1):719.

(17) jingzi zhang, neng tang, yinjuan zhao, ruoyu zhao, xiao fu, dandan zhao, yue zhao, lan huang, chaojun li, yudong qiu, bin xue, lei fang.  global phosphoproteomic analysis reveals significant metabolic  reprogramming in the termination of liver regeneration in mice. j proteome res. 2020 apr 3;19(4):1788-1799.

(18) zhang j, zhao r, yu c, bryant cln, wu k, liu z, ding y, zhao y, xue b, pan zq, li c, huang l, fang l. ikk-mediated regulation of the cop9 signalosome via phosphorylation of csn5. j proteome res. 2020 mar 6;19(3):1119-1130.

(19) cao y, ding w, zhang j, gao q, yang h, cao w, wang z, fang l*,  du r*. significant down-regulation of urea cycle generates clinically  relevant proteomic signature in hepatocellular carcinoma patients with  macrovascular invasion. j proteome res. 2019 may 3;18(5):2032-2044.

(20) wu y, zhang j, fang l*, lee hc*, zhao yj*. a cytosolic chaperone complex controls folding and degradation of type iii cd38. j biol chem. 2019 mar 15;294(11):4247-4258.

* co-corresponding author, ^# co-first author

1.主持国家自然科学基金面上项目，32371366，2024/01-2027/12。

2.主持国家自然科学基金面上项目，32071256，2021/01-2024/12。

3.主持国家自然科学基金面上项目，31770838，2018/01-2021/12。

4.主持国家自然科学基金青年基金项目，31500664，2016/01-2018/12。

5.主持江苏省自然科学基金面上项目，bk20221443，2022/07-2025/12。

6.主持江苏省自然科学基金面上项目，bk20171338，2017/07-2020/06。

7.参与国家自然科学基金重点项目，31530046，2016/01-2020/12。

8.主持与南京诺唯赞生物科技有限公司技术开发横向合作项目，“基于二代测序和蛋白质组学的基因工程抗体开发”，2018/01-2020/12。

9.主持与南京集思慧远生物科技有限公司技术开发横向合作项目两项，“邻近标记-定量蛋白质组学和化合物小分子靶点蛋白鉴定技术开发”，2022/11-2025/10；“农林业定量蛋白质组学技术开发”，2021/01-2022/12。

10.主持南京大学中央高校基本费教育部创新团队项目、“双一流”科技专项、技术创新基金重点项目、原创与交叉项目、国际合作交流项目和人才引进启动基金项目等10余项。

1．方雷（4/6），微生物基因工程可溶性表达及产物后加工新技术，中华人民共和国国务院，国家技术发明奖，二等奖，2013。

2．方雷（3/11），微生物基因工程可溶性表达及产物后加工新技术，江苏省人民政府，江苏省科学技术奖，一等奖，2012。

3．方雷（3/8），肝损伤再生修复关键机制与治疗新策略，华夏医学科技奖，三等奖，2022。

4．南京大学化学与生物药物创新研究院（chembic）2022年度雅辰管理创新奖

5．南京大学2022年度研究生招生先进个人